Mellerup Naturbørnehus, Fri- og Efterskole har en fælles bestyrelse, der er skoleernes og børnehusets øverste myndighed. Bestyrelsen har det overordnede ansvar for den samlede økonomi og drift. Opgaverne er mangeartede og løses i samarbejde med ledelsen, der har det pædagogiske ansvar og står for børnehusets, friskolens og efterskolens daglige drift. Ansvars- og opgavefordelingen er beskrevet i skolens vedtægter.

Bestyrelsen består af ni medlemmer. Der vælges to medlemmer af og blandt friskolens forældre forud for generalforsamlingen. Der vælges desuden syv medlemmer af og blandt skolekredsen på den årlige generalforsamling. Endelig vælges der tre suppleanter.

Skolekredsens medlemmer er typisk forældre til nuværende og/eller tidligere børn i naturbørnehuset, friskolen og efterskolen og andre med tilknytning til skolerne eller lokalsamfundet omkring Mellerup. Forældre med et barn tilmeldt friskolen, naturbørnehuset eller efterskolen er automatisk medlem af skolekredsen. For alle andre koster det 100 kr. om året at være medlem.

Hvert år i marts-april er der generalforsamling, hvor der er valg til bestyrelsen. Bestyrelsesmedlemmer vælges for to år ad gangen, og suppleanter vælges for et år.

Bestyrelsen holder møde cirka en gang om måneden, hvor også skolens ledelse og medarbejder-repræsentanter deltager. Bestyrelsen deltager i udvalgsarbejde og arrangementer i Børnehuet, på friskolen og efterskolen. Mødereferaterne opbevares og kan ses på skolens kontor.

Arbejdet i bestyrelsen er frivilligt og dermed ulønnet.